I principi eretici tedeschi tremavano al pensiero che Sisto V potesse da un momento all'altro sciogliere i loro sudditi dal giuramento di fedeltà; eppure Rodolfo che non voleva inimicarseli, pregava il Papa di non procedere contro di essi, di dichiararsi neutrale negli affari di Germania, e cambiare, nella sua bolla contro i principi protestanti, il futuro condizionale non incommodaremus (non interverremmo) in un futuro assoluto non incommodabimus (non interverremo). Sisto V tenne fermo il condizionale della sua celebre bolla, non volendo precludersi la via alla realizzazione di quella ch'egli compiacevasi chiamare « la buona riforma della Germania » da lui tanto vagheggiata. Ma con la sua grande penetrazione degli uomini e delle cose, aveva purtroppo compreso che non c' era molto da sperare sulla cooperazione dell'indolente Rodolfo! 

Penosa condizione in cui si trovava Sisto V: vedere nella immane lotta religiosa che sconvolgeva l'Europa, schierati a favore dell'eresia due grandi principi ch'egli ammirava: Enrico di Navarra ed Elisabetta d'Inghilterra, e non trovare nel campo cattolico chi potesse eguagliarne le doti. Nessuno di questi egli credeva capace di sostenere il peso delle sue idee: Basterebbe un uomo, esclamava Sisto V, che il resto non manca. Manca un principe, un Costantino, un Lotario, un Carlomagno! gli avrebbe dato ricchezza, potenza, gloria! 

È ben vero che un principe secondo il suo cuore l'aveva trovato fin dal primo anno nel cavalleresco re di Polonia, Stefano Bathori: e infatti Sisto V e il Bathori erano nati per intendersi; entrambi ardevano dal desiderio di abbattere la Turchia ch'era in guerra con la Persia: il momento era propizio; a Roma si tennero adunanze segrete..... Ma il Bathori era morto improvvisamente (Gennaio 1587) gettando nel lutto il fiero Pontefice che in pubblico concistoro, dopo essersi diffuso ad elogiare la magnanimità e le benemerenze cristiane del defunto, aveva detto testualmente: « Questo principe noi abbiamo perduto e con lui le nostre speranze: perocché con l'aiuto delle somme che gli avevamo inviate, egli si apprestava a combattere i Turchi, ad invadere la Moscovia e ad operare così la sua congiunzione con i Tartari e i Persiani ». 

Dopo la morte del Bathori, si disputarono il regno di Polonia, l'arciduca Massimiliano d'Austria e Sigismondo di Svezia. Aperte le ostilità, Massimiliano venne fatto prigioniero. L'imperatrice vedova, madre di Massimiliano, il Re Filippo, e il granduca di Toacana, intervennero presso il Papa, perché domandasse a Sigismondo la liberazione dell'arciduca. 

Sisto V mandò in Polonia il nunzio Aldobrandini (poi Clemente VIII) che eseguì egregiamente la sua difficilissima missione, riuscendo a concludere la pace (Tav. LXXVIII). Fra i patti firmati, il più importante, secondo Sisto V, fu quello in cui Austria e Polonia si obbligavano a non stipulare, nelle tregue future col Turco, clausola veruna in cui potessero nuocersi a vicenda: piccolo germe che, fecondato in seguito, produceva più tardi l'alleanza dei due stati, la comparsa improvvisa e vittoriosa del Sobieski sotto le mura insanguinate di Vienna (1683), e la decadenza definitiva della mezzaluna nella civile Europa.