Ma nel novembre del 1588 Carlo Emanuele s'impadronì all'improvviso del marchesato di Saluzzo, che apparteneva al re di Francia, e accusò il Santo Padre d'aver incoraggiato questo colpo di mano. In realtà il papa aveva fatto firmare dal duca una dichiarazione colla quale questi s'impegnava a rendere quel territorio « infestato dagli eretici » al re di Francia, « purché sua Maestà vi mandasse un personaggio cattolico con missione di prenderne possesso ». (In politica valeva allora il principio: Cuius regio eius religio). 

Il papa alle rimostranze degli ambasciatori francesi e di Venezia rispose: « II re spedisca il Duca di Maine o il Duca di Guisa (cattolici) e Saluzzo sarà loro rimesso senz'altro, o dal Duca di Savoia, o se questi si nega, da noi. Non si vede come vadano colà le cose? Il Delfinato, la Linguadoca, la Guienna, Metz e la maggior parte degli altri governi sono in potere degli ugonotti. Non mancherebbe che dar loro Saluzzo per farli entrare in Italia ». 

Quest' incidente passò ben presto in seconda linea per l'assassinio del Duca di Guisa, che sconvolse la situazione: ma Saluzzo, dopo lunghi contrasti, restava al Duca di Savoia nella pace di Lione (1601).