1551- Il Cardinal Protettore risentito propone (il Bozio dice “ordina”) direttamente al generale p. Giacomo Passeri da Montefalco (Perugia) la Reggenza di Siena per il Peretti, nel cui convento era stato baccelliere nel 1546 e dove vi resterà per un triennio. A Siena tra i suoi discepoli troviamo:

- Antonio Pofio da Montalcino, teologo al Concilio di Trento e poi Procuratore Generale
- Ottavio da Ravenna, Consultore del S. Uffizio a Roma, Provinciale d'Inghilterra, primo Reggente del Collegio di San Bonaventura, istituito a Roma da Sisto stesso, professore di Metafisica presso le università di Pavia e di Torino, Teologo della Sapienza di Roma, Lettore dei Sacri Canoni ai canonici regolari di Porto di Ravenna e autore di diverse opere teologiche
- Bonaventura da Gaggiano, teologo presso l'università di Padova, Inquisitore di Ceneda, Provinciale di Stiria.
- Marcantonio Gambaroni da Lugo e Ottaviano da Napoli entrambi teologi al Concilio di Trento.

• 1551 Predica a Camerino, invitato dal locale vescovo, il cardinale Berardo Bongiovanni (se periodo quaresimale 18feb.-29 mar.) nel duomo e contemporaneamente era Reggente a Siena.
  
  
• 1551 Il Padre Generale Gian Giacomo da Montefalco lo invia a visitare i vari conventi del Montefeltro, Cagli e Urbino

1552 Predica tutti i giorni a Roma durante la quaresima ( 9 marzo-17apr), leggendo l’epistola di San Paolo ai Romani, chiamato dal cardinale Rodolfo Pio da Carpi nella chiesa dei SS. Apostoli, ottenendo tanto successo che un giorno si trovarono tre cardinali ad ascoltarlo.
- Durante una predica a Roma sul testo Astiterunt reges terrae, usa espressioni forti nei confronti di Carlo V, Ferdinando I ed Enrico II alla presenza di Cardinali e Ambasciatori che protestano presso il papa Giulio III che riuscirà a salvare il Peretti.(9-pag.171) .

• 1552 Il Cardinale Protettore lo invia a dirimere una lite intercorsa tra il guardiano fra Tommaso da Piacenza e fra Francesco da Osimo che era stato cuoco nel convento dei Santi Apostoli
  
  
• 1552 -Dopo il 29 marzo.Viene fatto recapitare un elenco delle affermazioni dottrinali di Fra Felice, con al margine le parole:” tu menti” (era la formula con la quale i cattolici tacciavano di eresia i protestanti) al commissario del Santo Uffizio romano Michele Ghislieri che appura la verità. Molto probabilmente l’argomento cardine fu quello della “giustificazione”, cioè della grazia, di cui la sesta sessione del Concilio di Trento, nella seduta del 13 gennaio 1547, ne aveva approvato la definizione. Da questo momento inizia la stima tra i due. - Ottiene dal pontefice Giulio III una buona pensione. - Da lezioni di filosofia ai figli di Ascanio Colonna: Marcantonio, poi arcivescovo di Taranto, e Stefano. - In questo periodo entra in contatto con elementi della controriforma: Ignazio di Loyola, fondatore della Compagnia di Gesù,Filippo Neri,che con i suoi oratori aveva introdotto un nuovo spirito di vita cristiana, il cappuccino Felice da Cantalice, il cardinale Gian Piero Carafa (futuro papa Paolo IV), che insieme a Gaetano da Thiene avevano fondato l’ordine dei teatini, il cardinale Michele Ghislieri, (futuro papa Pio V) -[ Osservando che il Sacramento agli infermi non veniva portato in modo dignitoso fonda la Compagnia del Santissimo Sacramento alla quale unisce, grazie all'intervento del papa Giulio III la Confraternita dei dodici Apostoli, composta da dodici cavalieri il cui compito era quello di cercare elemosine per i poveri. Per cui presso la Basilica dei Santi Apostoli nasce la Compagnia dei dodici Apostoli, una volta diventato papa, la eleva ad arci-confraternita. Affida a questa Compagnia la Casa Pia, un monastero femminile che osservava la Regola di Santa Chiara e che proteggeva vergini povere, fino al matrimonio o allo stato monacale. Nel 1587, diventato papa, fa costruire la chiesa di Santa Chiara annesso al monastero stesso, situata nel Rione di Sant'Eustachio, donando 2000 scudi per riscattare un debito e eliminando un censo annuo. (2-pag. 24-25)
  
  
• 1552 Il Padre generale Giulio da Piacenza lo invia nel convento di Fermo dove priverà della carica il guardiano Domenico da Montesanto, controllerà i conti del procuratore fra Ludovico da Ponzano, bandirà fra Cichone da Monte dell’Olmo per aver ferito fra Tommaso. 1553 Predica a Genova, (se quaresima dal 23 feb al 2 apr) dove si riunisce il Capitolo generale del suo ordine che lo invia Reggente presso il Convento regio di S. Lorenzo Maggiore di Napoli.

1553-56 REGGENTE DELLO STUDIO TEOLOGICO DI NAPOLI e, contemporaneamente, Inquisitore delegato insieme a Scipione Rebiba, futuro cardinale (1555) e arcivescovo di Pisa (1556). (11- pag. 15) I frati si San Lorenzo celebrano la venuta del nuovo Reggente con una novena invitandolo a tenere una predica.
- In questo periodo fra Felice conosce l'avvocato Giovanni Caponelli e la moglie Prudenzia Fava la quale lascia il suo confessore che era un Padre della chiesa del Carmine preferendo il Montalto. Rapporti di stima e di amicizia legano la famiglia dell'Avvocato e fra Felice, tanto che quando questi parte da Napoli lo accompagnano in carrozza per un'intera giornata. Un rapporto epistolario viene intrattenuto per più di un anno, interrompendosi con la morte dell'avvocato. In seguito, morta anche la moglie senza aver lasciato discendenza diretta, Sisto fa fare delle ricerche sulle famiglie di origine trovando per i Caponelli un notaio povero con famiglia numerosa cugino dell'avvocato morto e per i Fava, un nipote della signora Prudenzia, un soldato che militava in una Compagnia Napoletana sotto Alessandro Farnese in Fiandra. Al Notaio Caponelli e ai suoi eredi, Sisto fa comprare una dimora, dotandoli di 3000 scudi che sarebbero serviti per sistemare le tre figliuole in matrimonio o in convento, oltre 500 scudi in contanti. Raccomanda il notaio ad alcuni regii ministri che ne favoriranno la carriera nel tribunale della Vicaria, mentre i due figli maschi li fa andare a Roma e di qui a studiare a Bologna. Uno di questi muore quasi subito, l'altro lo troviamo Nunzio a Malta al tempo di Paolo V. Per il Fava, dopo averlo nominato Colonnello di Fanteria a Roma, gli procura un matrimonio molto vantaggioso a Napoli dove andrà ad abitare, morto Sisto, perso il grado per un duello. (1- pag. 367-369)

1554 Predica la quaresima(14 feb-25mar) a Napoli in San Lorenzo commentando per tutto l'anno il vangelo di Giovanni

• 1554 Da alle stampe alcuni suoi sermoni, uno dei quali sull' Immacolata Concezione e li dedica ad Antonio e Cristoforo Simoncelli. 1554 Si tiene a Macerata (sembra) il capitolo provinciale delle Marche, presente il Ministro Generale Giulio Magnani da Piacenza. Il card. di Carpi raccomanda di nuovo il Peretti per la carica di provinciale, ma le invidie dei suoi confratelli bloccano di nuovo questa aspirazione.

1555 Prima di recarsi a Perugia si ferma a Montalto dove risiedeva la sorella (7-pag31)

• 1555 E' a Perugia durante la quaresima ( 5 mar-14 apr) su invito del cardinale della Corgna
• 1555 Dal Generale viene destinato in Calabria a sostituire un ministro che si riteneva essere morto, ma chiarito l’equivoco non parte.
• 1555 fine anno pubblica a Napoli un commento al vangelo di San Matteo. Cilio Alifano stampa l'opera percependo un compenso di16 carlini a foglio per un totale di quattrocento fogli, pretendendo di essere pagato ogni mezzo foglio.(8pag.25)

1556 6 gen. Fra Felice lascia Napoli lasciando in custodia al vescovo di Venosa l'intero suo bagaglio:sei cassi grandi, una piccola, due quadri e una valigia. La maggior parte di queste cose viene spedita il 4 febbraio 1558 a Venezia via Bari restando in possesso del vescovo succitato i quadri, due scatole dipinte, una cassa grande e le stampe. 

- Nel periodo napoletano si accresce la biblioteca di fra’ Felice con la donazione del suo amico Marmilio da Monte Lupone (13-pag.30).

• 1556 20 gen. E' a Roma dove il pontefice Paolo IV lo nomina teologo presso il consiglio preparatorio per la riapertura del Concilio di Trento. Il Tempesti afferma che in quest'anno viene chiamato a Roma come Teologo del Concilio Generale, che già "principiò la Santità di Papa Paolo IV" e non predica.
• - Paolo IV, nel 1566 chiama fra’ Felice a far parte del Consiglio generale dell’ampliata commissione di riforme con la quale intendeva sostituire l’opera del Concilio, interrotto sotto Paolo III, ripreso e nuovamente sospeso con Giulio III. Paolo IV temeva che il Concilio potesse mettere limiti all’autorità papale, già minata dalla riforma luterana. (7- pag.43-44)
• 1556 Mentre si trova ancora a Roma viene tanto apprezzato che i cardinali Girolamo Dandino e Fulvio della Corgna ne impediscono il suo ritorno a Napoli, per cui per tutto l'anno legge tre volte la settimana l' Epistola ai Romani di San Paolo, che erano state oggetto di interpretazione eretica di Lutero.
• 1556 mag. Nel capitolo generale, riunito a Brescia, viene eletto “Promotore ai Magisteri” insieme ad Andria e al Maestro Giovanni da Bergamo, e otto baccellieri, promossi dal Peretti stesso che vengono addottorati dal Rev. Gen. Maestro Giulio da Piacenza. Tra questi troviamo Antonio Posio da Montalcino, Ottaviano da Ravenna, Bonaventura da Gabiano, Marc’Antonio da Lugo, Ottaviano da Napoli, Antonio Panzetta da Padova e il calabrese Marziale. Altri otto furono promossi ma non addottorati: Francesco da Sonnino, Antonio da Urbino, Nicolò da Montefalco, il pugliese Iacopo, Antonio Bolletta da Firenze, Costantino da Crema, il piemontese e il Sicolino. (Peretti, Libro dei Ricordi, f. 149r). Con l’autorità di un “Cavaliero di S. Piero da Brescia” il Peretti addottora Antonio da Urbino, il piemontese e Costantino da Crema. Lo stesso Capitolo lo nomina Reggente dello Studio di Venezia per tre anni. Ivi con l’autorità del “Cavaliero Centani” addottora fra Paolo da San Leo, frate Andrea d’Arimino, fra Gian Matteo da Saao Corbaro e fra Geronimo da Lunano, tutti suoi allievi. (Il Promotore dei magisteri aveva ampi poteri sugli studi e sugli studenti dei Frati Minori Conventuali) 
  - Per andare al Capitolo di Brescia fra’ Felice si fa prestare un cavallo (vedi app. 31) Prima di andare a Venezia, finite le feste di Pasqua, accompagnato dal P.M. Caputi passa per Montalto regalando ai genitori 12 scudi e accompagnato da 40 persone della sua famiglia va a prendere possesso della nuova reggenza.
• 1556 lug. Prende possesso come Reggente dello Studio conventuale di S. Maria Gloriosa dei Frari (= frati minori) di Venezia, nel sestiere di San Polo (il Posio suo ex allievo della reggenza senese e ora Lettore dei Sacri Canoni raggiunge il Peretti il 30 giugno come egli stesso dichiara in una lettera del 4 luglio a Sigismondo Bozio, segretario del cardinal protettore, il che vuol dire che fra Felice era già lì). Accanto alla chiesa sorgevano gli edifici conventuali, raggruppati attorno a due chiostri e formanti la cosiddetta “Ca’ Grande dei Frari” o “Magna Domus Venetiarum” dove aveva sede lo Studio filosofico-teologico e la sede dell’Inquisizione. Il clima all'interno del Convento e' di netta avversione nei confronti del nuovo Reggente, infatti alcuni confratelli capeggiati dal padre guardiano (dal 1548) Andrea de’Micheli da Bergamo, al quale si unirono il padre Bonaventura Farinella da Castelfranco (Treviso), il veneziano p. Marino Moro (futuro segretario del Generale nel 1559) e il veneziano p. Marino, soprannominato lo zoppo, abituati ad un' eccessiva rilassatezza dei costumi, mal sopportavano il nuovo rigore. Essendo molto influenti nei vari ambienti religiosi e sociali denigrano il carattere e l'operato di Fra Felice esaltando invece quello dell'ex allievo Posio, arrivando a pretendere la Reggenza per quest'ultimo che avvicinato rifiuta per non fare un torto al suo maestro. Viene richiesto un pronunciamento del Generale e del Procuratore dell'Ordine, in attesa del quale il Peretti lascia Venezia 1°sett. Da Venezia passa a Rovigo e da qui a Ferrara. Il 16 settembre da una sua missiva al Bozio risulta essere ancora a Ferrara. In questa richiede, vista la sua partenza da Venezia, che la posta gli fosse inviata presso il P.M.Girolamo Floratti di Ferrara. (appendice 36) - Prosegue il viaggio fino nelle Marche.

1557 17 gen. Il cardinal protettore e il Padre Generale Giulio Magnani da Piacenza, dopo aver svolto indagini e vista l'inconsistenza delle accuse, con l’avallo del papa Paolo IV e del Sommo inquisitore del S. Ufficio, il domenicano fra Michele Ghislieri, fanno rientrare il Peretti a Venezia con il titolo di Maestro in Sacra Teologia, Provinciale di Ungheria, Reggente del convento della Gran Casa di Venezia e Inquisitore per tutto il dominio veneto. (l’inquisitore era al di sopra della giurisdizione ecclesiastica e, in materia di fede, di quella civile.)
- Fra Felice eleva il Cattaro, appartenente al dominio veneto, a sede inquisitoriale con un inquisitore sussidiario, mai avuto prima. Il primo fu il P.M. Valengo Tisani Barsi da Pirano, ma il tentativo fallì. - Nel periodo quaresimale predica tre volte a settimana nella Chiesa di Santa Caterina, (Pasqua cadeva il 31 marzo) mentre gli altri giorni è al tribunale. -Aprile Fra Peretti si ammala a Venezia, il 4 maggio risulta ancora infermo. (spendendo Lire 13 e soldi 17 per le cure). Intorno alla metà del mese di maggio si ammala anche il suo servitore Bonaventura da Cagli che sarà sollevato dall’incarico il 23 maggio.
- Fino al mese di settembre vi è un carteggio, con il Protettore e il suo segretario, che relaziona la calma ritrovata nel convento e le attività del Sant'Uffizio, notando anche in questo campo nessuna novità di rilievo. Questa calma, che gli consentirà di attendere ai suoi incarichi, dura due anni Nel frattempo il p. Andrea de’ Micheli non era più Guardiano dei Frari, sostituito nel 1557 dal veneziano p. Cornelio Divo e nel 1558 da p. Bernardino Berna. (i Padri Guardiani avevano un incarico annuale, anche se rinnovabile).

• 1557 Il Peretti così scrive: “hebbi commissione sopra il Gattolino di Capodistria, sopra il garzoneo da veglia et altri assai, come di fra Giulio di Capodistria.” 1557 22 giu. Proibisce la vendita dei Colloquia di Erasmo da Rotterdam e del Mercurio e Caronte di Valdes. 19 nov. Fra Felice nomina Vicario e Commissario di tutta la Diocesi di Concordia il P.M. Francesco Pinzi da Potogruaro (2- pag.29) 1558 9 feb. Ordina agli importatori di libri di depositarne l'elenco presso il tribunale prima dello sdoganamento.

1558 14 mag. Fra Felice nomina Commissario di Giustinopoli il P.M. Francesco Rosella di Ascoli e nella diocesi di Rovigo il P.M. Cornelio Divo di Venezia (potrebbe trattarsi dell'anno 1557e non del 1558)

• 1558 Nella periodo quaresimale (17 feb.-4 apr.) predica nella chiesa di Sant' Apostolo di Venezia e quattro giorni la settimana in Santa Caterina, oltre agli impegni derivanti dall’incarico di inquisitore
• 1558 mag., Con l'autorità del Cavaliero Centini ottengono la laurea dottorale in Venezia quattro allievi di fra Peretti
• 1558 22 ago. Dopo aver convocato cinquantasette librai, vieta loro di pubblicare la Bibbia in qualsiasi lingua volgare 1558 20 apr. In questa data fra Felice da Monatalto Reggente ed Inquisitore di Venezia scrive al Ven. Padre fra Salvator da Montalto: Zio mio carissimo. Io ve ho scritto più volte, che Santone fu interamente da me soddisfatto ecc. state sano , e fiavi raccomandata mia madre. Vostro come figlio. (2- pag.17)
• 1558 31-dic. Il sommo inquisitore card. Ghislieri scrive al Peretti inviandogli copia dell’Indice dei libri proibiti che stava per essere stampato (gennaio 1559) con dettagliate istruzioni per la sua pubblicazione: i librai dovevano presentare al Sant'Uffizio l'inventario dei volumi depositati nei loro magazzini e attendere il permesso di vendita. I libri proibiti dovevano essere raccolti e bruciati e i confessori dovevano rifiutare l'assoluzione ai detentori. L’elenco era lungo, 550 autori, oltre ai padri del protestantesimo vi era il De Monarchia di Dante Alighieri, Bernardino Ochino, Tacito, Orazio, Ovidio, Erasmo di Rotterdam, Giovanni Eckhart, Luciano Samosatense, François Rabelais, alcune epistole e sonetti del Petrarca, il Boccaccio (Decamerone), Lorenzo Valla (De falsa donatione Constantini), Gerolamo Savonarola, Francesco Berni, Giovanni Della Casa, Gian Fabrizio Montani, Machiavelli (Il Principe), le Facezie di Poggio Bracciolini, Pietro Abelardo, oltre a varie opere di astrologia, chiromanzia, magia, negromanzia, geomanzia, piromanzia. Seguiva un elenco di varie edizioni di Bibbie e Vangeli pribiti, tra i quali il Novum Testamentum, Venetiis, Bindoni-Pasini, 1538. Venivano poi additati i tipografi di tutta Europa che si erano resi colpevoli di aver stampato libri eretici. (11-pag.133) Venezia era uno dei centri dell’industria tipografica europea, limitare questa industria significava pregiudicare interessi economici notevoli. E’ da considerare che dal 1469, anno nel quale il mastro Zuane da Spira aveva iniziato la stampa dei libri a Venezia, erano sorte ben 493 ditte tra tipografie, editori e librai con una produzione stimata di circa quindicimila edizioni. (11-pag. 134) Con ulteriori lettere del 19, 25, 28 gennaio e del 4 febbraio, il card. Ghislieri insiste affinchè il Peretti si adoperasse presso il governo veneziano per ottenere la promulgazione nel Dominio Veneto. Il Peretti si dedica all’attuazione delle direttive ricevute dal Sommo Inquisitore sia nei confronti della Repubblica di Venezia, che verso i fedeli. I librai, appoggiati dal governo veneziano, inizialmente ignorano queste disposizioni

1559 Nel tempo libero dagli affari dell'inquisizione, che si riuniva tre volte a settimana, Peretti si dedica all'insegnamento e alla predicazione nei restanti tre giorni in Santa Caterina.

• 1559 Per la nomina del nuovo Padre Guardiano del convento di Venezia, fra Peretti facilita la nomina al suo avversario, Andrea Micheli da Bergamo. (il Tempesti rivela che la candidatura del Micheli fosse sostenuta dal Peretti che aveva riscontrato un sincero pentimento e perciò il bergamasco meritava la nomina). La cosa suscita un coro di ammirazione che fra Felice cavalca abilmente chiedendo per sé il grado di Provinciale. Cosa che per ora non otterrà per la morte del Padre Generale Magnani e per la lentezza del suo successore P.M. Delfini. (vedi appendice 1) Il Peretti cerca di eliminare con rigore gli abusi e in particolare uno, che durava da ben nove anni senza che nessun Padre Guardiano vi avesse posto rimedio: alcune stanze all'interno del Convento che da luoghi di preghiera erano diventate luoghi per vita mondana (per i particolare, vedere Tempesti, I, 30-32) entrando in contrasto con il neo eltto Micheli tanto che il 7 feb. ingrato Micheli convoca un capitolo conventuale facendo approvare un atto di protesta contro il Peretti da presentare al p. generale dell’Ordine p. Giulio Magnani, che stava visitando la provincia veneta; con tale atto si domandava la deposizione del Peretti da Reggente e da Inquisitore, perché, si diceva, moltissimi Senatori erano risentiti per i molti scandali di fra Felice, per le sue azioni obbrobriose commesse a disonore dell’Ordine e del convento dei Frari. I firmatari dell’atto furono in tutto 14, oltre il de’Micheli e Marino (lo zoppo) si aggiunsero i due ultimi ex guardiani dei Frari: Cornelio Divo e Bernardino Berna. Firmò anche il p. Paolo Filomena, che aveva dovuto rinunciare ad essere vicario generale dell’Inquisizione alla venuta a Venezia di fra Felice. Il p. Filomena, il 6 ottobre 1556, era stato nominato vicario dell’Inquisitore p. Nicolò da Venezia, ma il Peretti, successore del p. Nicolò, non l’aveva confermato. Il p. Maestro Marino “lo zoppo” era stato inquisitore di Venezia e di tutto il Dominio dal dicembre 1540 al luglio 1550, predecessore del p. Nicolò di Venezia. Nel 1549 egli aveva pubblicato un Indice dei libri proibiti, ma alla fine era stato sospettato di essere favorevole a tesi protestanti, tanto che nell’estate 1551 il p. Nicolò da Venezia gli aveva intentato un processo per sospetta eresia e il Tribunale l’aveva sospeso a divinis. Il processo era ancora in corso ( si concluderà nel dicembre 1561 con l’assoluzione dalle accuse più gravi) ed era in mano al nuovo inquisitore Peretti, per cui era comprensibile l’ostilità del Marino che cercando di farlo (il Peretti) allontanare si difendeva dal pericolo di una condanna. (11- pag.129 e seg). Il Gatti cita anche Antonio Posi da Montalcino, p. Bonaventura Farinella da Castelfranco e p. Angelo Gradi da Ragusa/Dubrovnic dimorante ai Frari come facenti parte di coloro che diedero il loro assenso per l’espulsione del Peretti dal convento.(11- pag. 268) 16 marzo Mentre fra Felice stava per entrare nella sala del Palazzo ducale dove si riuniva il Collegio dei Savi (costoro erano i consiglieri del doge), che doveva ascoltarlo, viene affrontato da un membro della famiglia Donà che per disprezzo gli sputa in faccia. (11-pag.134)
• 1559 13 apr. Nomina inquisitore di Concordia il P.M. Valentino da Cingoli per la diocesi di Adria e di tutto il Polesine il P.M. Matteo da Bergamo 1559 apr. Il generale dell'Ordine lo nomina presidente del Capitolo provinciale (commissario) della provincia veneta che si tenne a Bassano ove viene eletto provinciale Cornelio Divo, come richiesto dal Cardinale Protettore e dal Padre Generale, (vedi appendice 2)
• 1559 23 mag. Viene eletto generale dell'Ordine Giovanni Antonio Muratori da Cervia che conferma Peretti reggente dello studio veneziano e inquisitore di Venezia 1559 8 lug. Il Consiglio dei Dieci, dopo diverse vicessitudini, autorizza la pubblicazione dell'Indice che viene stampato da Girolamo Giglio il 21. Quindi da questa data era proibito stampare le opere proibite, pena grosse multe e ai librai veniva intimato di consegnare i libri proibiti, per i recidivi c’era la pena della negazione dell’assoluzione sacramentale; la fine di tali volumi era il rogo e infatti il sabato prima della domenica delle Palme(28-marzo 1559) ne vennero bruciati più di diecimila. (11-pag.135) E’ un bel successo per il Peretti considerando che a Roma lo stesso Indice sarà pubblicato solo il 30 dicembre, a Genova il governo non aveva voluto condannare tutti i libri indicati nell’Indice, in Spagna l’Inquisitore Valdes si era comportato allo stesso modo, mentre la Francia l’aveva completamente ignorato.
• 1559 ago. Con la morte di Paolo IV, avvenuta il 18 agosto, viene a mancare il principale alleato e quindi fra’ Felice, temendo rappresaglie, ritiene opportuno lasciare Venezia, viene sostituito da due inquisitori, uno nominato dal vicario generale dell'ordine e uno dal ministro provinciale. Si reca a Montalto ove presiede insieme al fratello Prospero al matrimonio di Flora di Costantino (figlia di Piacentina) con Giovanni di Mecozzo il 17 settembre 1559. Conduce una vita ritirata con digiuni e austerità. A Roma il popolo alla notizia della morte del Pontefice assalta e dà alle fiamme il palazzo dell’Inquisizione a Ripetta, per cui i timori del Peretti erano più che fondati. 1559 nov. Lo ritroviamo a Roma, durante il conclave che il 25 dicembre nominerà il nuovo papa, Pio IV. Non potendo conferire con il Cardinal Protettore, che risiedeva in conclave, riferisce al segretario Bozio circa le vicende veneziane e questi ne rende partecipe il Vicario Apostolico che si trovava a Montefilatrano dove doveva celebrare il Capitolo Provinciale, che per questo motivo non prende provvedimenti.
  - Dopo il 25 dicembre (allorché termina il Conclave) il Cardinal Protettore Carpi, il cardinal Ghislieri e il Paceco si interessarono al caso di fra Felice, biasimando l'immobilismo del Vicario Apostolico. - Il Peretti ritorna a Montalto ( da verificare se questa notizia coincide con quella dell'agosto 1559)(il De Feo non ne parla)

1560 22 feb. Pio IV gli rinnova, d’accordo con i cardinali Carpi e Ghislieri, con un breve la nomina ad inquisitore a Venezia, ma viene osteggiato dai suoi confratelli e il Consiglio dei Dieci, pur di non dover affrontare situazioni foriere di disordini, ne richiede l'allontanamento. Le accuse del governo veneto erano legate all’eccessiva severità del Peretti, alla sua ambizione e al fatto che si lamentava con Roma di non essere appoggiato dalle autorità della Serenissima.

• 1560 30 feb. Neanche l'intervento del Provinciale Divo sortisce effetti favorevoli tanto che questi scrive al Segretario del Protettore illustrandogli la situazione. Il papa Pio IV sollecitato dall’ ambasciatore veneziano Alvise Mogenigo che gli richiedeva l'allontanamento del Peretti, minaccia di togliere ai francescani l'Inquisizione.
• 1560 11 marzo a Faenza dal P.M. Marcantonio da Forlì ha notizie del contenuto del Breve pontificio.
  - Diventa il confessore del papa.
• 1560 6 apr. Il Peretti scrive al Bozio esortando a trovare una soluzione meno drastica (che la perdita dell'ufficio inquisitorio) (la lettera è riportata nell'appendice 3) - Il Vescovo di Vercelli, Nunzio a Venezia ha l'ordine dal Cardinal Carpi di difendere il Peretti, infatti appena arriva al Convento, ordina di dare le stanze destinate al Reggente a fra Felice, cosa che fa adirare il Micheli che cercherà in tutti i modi di mandarlo via.
• 1560 11 apr. Il Peretti scrive al Bozio illustrandogli la nuova situazione venutasi a creare grazie all'intervento del Nunzio. (la lettera è riportata nell'appendice 4)
• 1560 Dopo la pubblicazione delle opere di Aristotele e Averroè da parte di Antonio Posio, gli oppositori lo esaltano tanto da indicarlo come meritevole di essere Inquisitore e Rettore denigrando ancora una volta il Peretti che scrive al Bozio (la lettera è riportata nell' appendice 5). Il Provinciale fa presentare un memoriale di supplica per evitare la rimozione del Peretti al Consiglio dei Dieci, senza il suo consenso, ma questo documento sortisce l'effetto contrario a quello sperato. Il rammarico viene esternato in una lettera al Bozio (appendice 6)
• 1560 1 giu. In altre due lettere indirizzate la prima al card. di Carpi e la seconda al segretario Bozio, Peretti parla delle calunnie rivoltegli definendole “cose vergognose” e “di peggior natura” identificabili come fornicazione e sodomia. Il testo delle due lettere è riportato in appendice 37 e 38) 1 giu. Il pontefice gli revoca la nomina e affida l'inquisizione ai domenicani. - Lasciata Venezia il Peretti va a Padova per venerare le "Ceneri del Taumaturgo", trattenendosi otto giorni nei quali viene ben accolto dai locali religiosi e dal Provinciale Divo e con lui ritorna a Venezia per licenziarsi dal Doge.(18 giugno). (altrove ho trovato le date del 18 e del 28 riferite al mese di luglio e non di giugno) 21 giu. Il Divo relaziona al Bozio l'incontro tra il Doge e il Peretti (la lettera è riportata in appendice 7) 28 giu. Partenza definitiva da Venezia destinazione Pesaro. Il Provinciale Divo scrive al Bozio e a Pesaro fra Felice viene raggiunto da una lettera di encomio del Cardinale Protettore (le due lettere sono in appendice 8 e 8a). Il papa nomina il nuovo inquisitore, il domenicano fra Bartolomeo da Lugo, da quest'anno gli inquisitori a Venezia appartengono all'ordine domenicano. Il 13 luglio viene sostituito da fra Tommaso da Vicenza 1560 16 lug. Insieme al suo ex allievo Posio, il Peretti é a Roma, dove baciano il piede a Pio IV che nomina Fra Felice Teologo del Concilio che si stava per aprire a Trento, (ove però non andrà), Teologo assistente del Sant' Uffizio di Roma ( carica conferita per la prima volta ad un rappresentante dei Padri Minori Conventuali) giurando al cospetto del cardinale Alessandrino e infine Lettore alla Sapienza. Tre incarichi rilevanti che premiavano i dispiaceri veneti. Prende dimora , una stanza, nel convento dei SS. Apostoli in Roma - Il Cardinal Protettore pretende la destituzione del Superiore del Convento di Venezia, lo fa convocare a Roma e qui solo grazie all' intercessione del Peretti non viene condannato. Questo gesto di magnanimità viene apprezzato da tutti a Roma. ( Il Posio sarà Reggente a Padova, mentre il P.M. Angelo Grado diventerà il nuovo Guardiano del Convento di Venezia) 1560 16 dic. Fra Felice è a Roma lo testimonia una lettera di saluto ai Priori di Montalto, offrendo loro ogni sua fatica. 1561 15 maggio Fra Felice ha un nuovo servitore, fra Filippo da Fermo con un compenso di 4 giuli al mese. (dal Libro dei ricordi ff. VIIIr e 16r di fra Felice Peretti)

1561 Pochi mesi prima della morte del Vicario Generale Giovanni Antonio Delfini (avvenuta il 5 settembre), il Peretti si ammala di una malattia più lunga che pericolosa, per cui i medici gli ordinano di andare un po’ di tempo nel Piceno a respirare l’aria salubre. (11-pag 146). 1561, 12 agosto Il comune di Ascoli gli conferisce la cittadinanza onoraria (11-pag.469)

• 1561 sett. Il papa, grazie alla segnalazione del Cardinale Carpi, lo nomina procuratore generale del suo Ordine, carica conservata fino al 1565. Vice procuratore è fra Marziale. E' insensibile ad ogni tipo di pressione, sintomatica è la risposta che dette a delle richieste di ammorbidimento di qualche misura troppo rigorosa, provenienti da Montalto:”Lasciate a me gli affari del mio ordine, così come io non m'immischio negli affari del vostro comune”.

1562 16 maggio Si tiene a Milano il Capitolo Generale e il neo procuratore lo troviamo insieme all' amico teologo P.M. Antonio de Sapienti di Augusta Pretoria che anche grazie all'appoggio del Peretti verrà eletto Ministro dell'Ordine.

• 1562 Con l'apertura del terzo periodo del concilio di Trento cui partecipava il generale dell'Ordine, buona parte dell' amministrazione ordinaria resta affidata al Peretti. 1562-64 Insegna teologia all' università La Sapienza di Roma (diventandone Lettore). Il Gatti parla invece del 1560 come anno della presenza di fra Felice alla “Sapienza”. 1563 10 marzo Fra Felice è a Roma da dove scrive ai Priori di Montalto rammaricandosi del poco rispetto che detti Signori mostravano nei suoi riguardi.

1563 13 marzo Fra Felice è a Roma risponde ad una lettera del 2 marzo dei Signori di Montalto. Così scrive: “ Lasciate a me gli affari del mio ordine, come io non mi immischio negli affari del vostro comune”

• 1563 4 aprile è a Rieti scrive ai Signori di Montalto esortandoli a scrivere liberamente per il bene della sua patria.
• 1563 apr-mag. E’ visitatore delle province del suo Ordine in Abruzzo e in Puglia.

1564 mag. E' a Roma accanto al Cardinal Protettore che in quest'anno muore. (2-pag.40)

• 1564 nov. In ottemperanza ai dettami del concilio di Trento riguardanti i francescani, secondo i quali questi non dovessero avere beni privati: Fra Felice rinuncia nelle mani del vicario generale dei minoriti conventuali ad ogni bene: al convento di Montalto i suoi beni immobili (donazione senza effetti pratici, avendo donato alla nipote ogni diritto sull'eredità paterna)(7-pag.48) e al convento dei SS. Apostoli la sua biblioteca. Al momento dell'inventario risultavano settecentoquarantadue titoli. Il von Pastor osserva che i libri rimangono, con il permesso dei superiori, in suo possesso. (13-pag. 29)

1565 Il Capitolo generale si riunisce a Firenze lo nomina socio e assistente del Ministro generale per le province cismontane e membro della commissione incaricata di introdurre la riforma tridentina nell'Ordine francescano. Da Firenze ritorna a Roma. Il Platina-Ciccarelli invece parlano della fine del periodo da Procuratore dell’Ordine in concomitanza con il capitolo generale di Firenze, allorché il vicario generale, Antonio de Sapienti da Augusta Pretoria, nonché Presidente Apostolico non gli permette di svolgere le sue funzioni. Il Peretti lascia indispettito il Capitolo e quindi viene sollevato dal suo incarico. (1-pag.373 sbaglia la data) Aggiunge che dopo aver lasciato il Capitolo viene inseguito dai seguaci del Generale, si sposta non alloggiando nei monasteri francescani.

• 1565 Con la morte del Cardinal Carpi,era venuto meno uno strenuo difensore di Fra Felice che viene sempre più contestato soprattutto dai suoi correligionari che mal sopportavano il suo carattere. Il cardinale Ghislieri, prima lo convince a fare una dichiarazione di perdono nel confronto dei suoi accusatori, ma visto che la cosa non aveva avuto i risultati sperati, si adopera presso il Papa Pio IV affinché, con la qualifica di teologo dell’Inquisizione, fosse assegnato alla missione del cardinale Boncompagni in Spagna. 13 lug. Viene nominato legato per la Spagna il card. Ugo Boncompagni (futuro papa Gregorio XIII), esperto giurista, costituito giudice per la causa contro Batolomé de Carranza de Miranda, arcivescovo di Toledo. Questi era l'autore di una pubblicazione dal titolo Commentari sul catechismo cristiano nei quali l'inquisizione spagnola ravvisò elementi eretici. Come assessori al Boncompagni gli vengono assegnati Giambattista Castagna, futuro Urbano VII, designato nunzio ordinario e Giovanni Aldobrandini, futuro cardinale. Presente in qualità di teologo il P.M. Stefano Bonucci dell'Ordine dei Servi di nostra Signora. Il Peretti viene aggregato come assessore teologo, ma viene guardato con diffidenza in quanto, a Roma, i suoi compiti non erano stati ben definiti. Dovette subire diverse umiliazioni dal Boncompagni e tra queste quella , che per necessità sopravvenute, fu privato della mula sula quale viaggiava e relegato tra il personale di servizio sul carro che trasportava i bagagli. Il De Hubner invece parla che per penuria di cavalli al Peretti viene assegnata una bestia da soma e relegato con i bagagli in compagnia dei “mulattieri” (9-pag.176) La legazione arriva in Spagna nel mese di novembre, ma mentre stava cercando di risolvere alcune questioni procedurali, arriva la notizia della morte il 9 dic. 1565 Pio IV. Filippo II ravvisa nelle posizioni di Fra Felice una convergenza quelle dell’inquisizione spagnola, cosa che ebbe il suo peso, nel senso di non porre particolari ostacoli,durante il conclave che porterà alla elezione di Sisto V. Il Boncompagni vuol rientrare a Roma per partecipare al conclave, ma a Genova lo raggiunge la notizia che il nuovo Pontefice Pio V Ghislieri, nel frattempo eletto, lo invita a ritornare in Spagna, cosa che non avviene per addotti motivi di difficoltà e quindi il gruppo fa rientro a Roma. Invece di accompagnare il Boncompagni il Peretti preferisce incontrare degli amici in Piemonte, a questo periodo risalgono i dissapori tra i due, che durante il pontificato di Gregorio XIII portarono all' allontanamento da qualsiasi carica di Felice.