• 1566 1° marzo Ad Asti, monastero della Provincia di Genova, la notizia raggiunge il Peretti.
• 11 marzo a Faenza il P.M. Marcantonio da Forlì gli consegna il Breve papale.
• 17 marzo è ad Assisi e qui gli vengono comunicati gli ordini del papa, consegnati i sigilli e donate due mule e un cavallo per i suoi bisogni.
• 18 marzo è a Terni e incontra il Padre provinciale dell'Umbria dichiarandolo suo commissario sui monasteri femminili di detta provincia.
• 21 marzo Con il P.M. Francesco da Cascia è a Roma e il Pontefice ordina al Segretario dei Brevi di compilarne un altro con la stessa data di quello smarrito a Toledo. Questo nuovo compito viene affrontato con grande fermezza: Il 20 aprile, con un provvedimento, destituisce tutti i Commissari generali che detenevano il potere nell’Ordine, ristabilendo l’antica costituzione per la quale questo spettava ai Provinciali, che venivano considerati suoi Commissari e ai quali i conventi dovevano prestare ubbidienza.
• 26 aprile Stabilisce che i Superiori locali debbano rendere conto ogni anno del loro operato, mentre prima il periodo era di tre anni. Spedisce in tutte le provincie d'Italia, dell'Austria, della Provenza, della Boemia, dell'Argentina, dell'Aragona i suoi luogotenenti visitatori; nel contempo rassicura tutti i Provinciali che detti visitatori non si sarebbero intromessi nelle cose di pertinenza dei Provinciali stessi. Destina più inquisitori in Ancona, in Romagna, in Toscana, in Verona , nella Boemia.
  - Durante il periodo del generalato dell’Ordine fa venire a Roma la sorella Camilla.
• 15 aprile. Roma. Da una lettera di Peretti al card. Borromeo: Il vicario generale fra Peretti riceve una lettera dal Cardinal Borromeo con la quale gli raccomanda il Maestro Francesco Diano affinché questi diventi Provinciale in seguito al Concilio Provinciale (sardo?). Il Peretti pur non promettendo niente, riconoscendo la libertà di deliberazione del Sacro Collegio, assicura un suo interessamento.
• 25 maggio. Roma Da una lettera di fra Peretti al card. Borromeo: Si cita un tal Padre Franceschino, negli anni passati piuttosto irrequieto, che mandato presso il card. Borromeo assumerà l’incarico di guardiano del convento di Brescia. Fra Peretti, nella sua qualità di Vicario dell’Ordine, per le nomine all’interno dell’Ordine stesso, pur rispettando il segreto del voto, pretende l’esclusione di coloro che a suo giudizio sono “inhabili” a rivestire tali nomine. Inoltre riafferma una prerogativa del suo ruolo, quella di inviare Visitatori ovunque grazie ad un motu proprio del Papa. Osserva anche lo strapotere dei guardiani dei conventi e per decreto ne riduce l’incarico a tre
• 1566 inizi di luglio Pur avendo destinato i predetti visitatori vuole egli stesso ispezionare alcuni conventi dell'Umbria, trattenendosi in Assisi l'intero mese di Agosto.
• 1566 settembre è a Roma e visita il Monastero femminile di San Silvestro riformandolo con nuove Costituzioni.
• 1566 13 ott. é a Napoli dove visita il Monastero di Santa Chiara lasciando anche qui Costituzioni. Fino a dicembre visita altri conventi di sua pertinenza di questa provincia lasciando alle badesse ordini precisi. In tutti i casi le visite non erano solo atti formali, ma tendevano ad estirpare ogni tipo di abuso. Queste febbrili attività morigerarono i comportamenti dei componenti dell’Ordine, mentre i più riottosi furono incarcerati nelle prigioni ecclesiastiche. Vengono visitate, oltre quelle summenzionate, le province del Lazio, Toscana, Emilia, Marche, spingendosi fino a Padova e a Venezia.

• 1566 15 nov. Pio V lo nomina con un Breve speciale vescovo di Sant'Agata de' Goti pur facendogli mantenere la carica di generale dell'Ordine fino al successivo capitolo (giugno 1568). Il Tempesti parla del 17 novembre, citando come fonte il Segretario del Concistoro (2- pag. 43) che così si esprime: SS. Dominus providet Ecclesiae S. Agathae Gothorum vacatae per obitum bon. Mem. Joannis Beroaldi de persona R. P. fratis Felicis Peretti de Monte alto Ordinis fratrum Min. Conventualium, & ejusdem Ordinis Vicarii generalis, cum indulto quod exercerepossit Vicariatum generalem usque ad creationem Generalis novi.
  
  
• 24 nov. Salerno. Da una lettera di Peretti al Card. Borromeo: Il Peretti ringrazia della recente carica vescovile, prende nota dell’esortazione di provvedere alle riforme del suo ordine e richiede un predicatore che con la sua attività lo aiuti (vedi appendice 22).

1567 8 gen. Con altro Breve Pio V lo dichiara suo Presidente Apostolico, conferendogli l'autorità di addottorare venti meritevoli religiosi. (2- pag.43). infatti dal registro dell’Ordine così si legge: Fuit lectum & publicatum Breve SS. Domini pro addoctorandis XX Baccalaureis Religionis. Die 8 Jan.

• 1567 12 gen F.P. viene consacrato vescovo nella real chiesa del San Lorenzo Maggiore a Napoli da Antonio Lauro, vescovo di Castellammare di Stabia, cappellano maggiore del Re, coadiuvato da Giovanni Antonio Astorch, vescovo di Lettere e da Giovanni De Amati di Cori, vescovo di Minori. Presente l'Arcivescovo di Napoli, cardinal Mario Carafa dei marchesi di San Lucido, il vescovo di Ischia, Monsignor Fabio Polverone di Napoli, oltre una folta rappresentanza della nobiltà locale.
• 29 gen. Prende possesso della sua sede vescovile e per tre giorni viene alloggiato nel Convento francescano locale. Il G. Parisciani in “Sisto V e la sua Montalto” del 1986 a pag. 99 dice: "Nella sua diocesi di Sant'Agata de'Goti (Benevento), monsignor Peretti portà a termine una sacra visita pastorale a tutte le parrocchie e relative istituzioni, togliendo abusi e raddrizzando storture, come faceva allora ogni buon vescovo post-tridentino, pubblicandone poi degli "ordini discreti".
• Ritorna a Roma perché richiamato dal pontefice che voleva che continuasse le sue visite e la sua attività di Vicario apostolico del suo Ordine. (per questa partenza ho trovato la data del 2 maggio, probabilmente errata, molto più probabile sarebbe il 2 febbraio). A Roma, dopo aver reso omaggio al pontefice, dichiara Visitatore generale di tutto l'ordine il P.M. Origoni, che era Procuratore Generale e al suo posto colloca l'ex allievo Posio che rinuncia alla carica di Provinciale in Terra Santa che passa al P.M. Bonaventura Bagnaja di Siena.

Nonostante la protezione papale le voci maligne a suo carico continuavano e anche qualche cardinale come Bonelli, nipote di Pio Vcercava di metterlo in cattiva luce presso il pontefice. Veniva accusato di un’eccessiva propensione per i beni della terra e di un uso arbitrario del denaro del suo ordine, il Cardinale Crivelli, vice protettore dell’Ordine (il protettore era Carlo Borromeo succeduto a Carpi) aveva fatto pervenire al pontefice che Peretti “avesse venduto uffizi mentre era generale”, oltre ad altre recriminazioni (due figlie in un convento). Ma il papa aveva troppa fiducia nel frate per prestarvi fede. Le malevoli dicerie lo accusavano di aver trasformato la propria residenza in Santi Apostoli in un appartamento lussuoso. A questo punto il papa volle sincerarsi di persona e inaspettatamente si presentò (per la seconda volta, la prima era quando era ancora cardinale inquisitore) ai Santi Apostoli e constatò che Fra Felice alloggiava in una cella disadorna. L’unica particolarità erano quattro casse chiuse, ma piene di libri che servivano per preparare le prediche, che secondo i progetti dovevano essere inviati presso la diocesi di S’Agata. Il papa si informò se tra i libri vi fosse anche l’opera di San Tommaso, curata da lui e senza aspettare la risposta dopo averlo salutato nel modo migliore, uscì. (7-pag.51-52).

Dopo questo chiarimento il papa ascoltava il consiglio di monsignor Montalto (così aveva cominciato a chiamarsi) in tutte le materie di fede, ritenendolo il più insigne teologo della Curia romana.

1567 Riprende le visite dei conventi della provincia di Toscana e di Bologna (fine marzo)

• 1567 Apr. Visita i conventi delle Marche e a Montalto trascorre i giorni 27 e 28.
• 6 mag. In qualità di vicario generale, Fra Felice deputa il P.M. Pirri quale commissario per l’elezione del nuovo provinciale in Sicilia e nomina il P.M. Carlo Belleo quale commissario Ad preparandas expensas per il prossimo capitolo provinciale previsto a Ragusa.
• 8 maggio. È a Grottammare per rivedere i parenti, dimorando qualche giorno nella sua casa. Dà la facoltà al P. Bonaventura Squarcioni del Convento di S. Francesco di Fermo di abitare una stanza che detto religioso, con le sue elemosine si era fatto costruire. (2-pag. 14-5)
  - Successivamente lo ritroviamo a Ripa Transona dove, nella chiesa dell'Ordine, fa erigere una lapide sepolcrale in memoria del Dottore di Parigi, il teologo P.M. Giovanni originario di questo paese. Nella parte finale di questa iscrizione troviamo i titoli del Peretti: F. Felix Perettus a Monte Alto - Agathensis Ecclesiae. Episcopus Ord. Minorum Convent. - Vicarius Generalis Apostolicus - Provinciali suo reverentiae ergo posuit. (2-pag. 44-45)
• 25-maggio. Bagnocavallo Da una lettera del vescovo Peretti al Card. Borromeo: Il Peretti invia come guardiano del convento di Milano il maestro Giovanni da Camerino con il compito di riportare i frati su una retta via. Viene citato un disordine di una certa importanza nel convento di Assisi e si ipotizza Bologna come sede del Capitolo Generale del 1568, riferendo una favorevole convergenza del Pontefice. (vedi appendice 23)
• 1567 Dal 3 al 6 giugno presiede il Capitolo provinciale marchigiano a Sant' Elpidio a Mare 1567 (fine maggio? dovrebbe essere dopo il 6 giugno, ma il Tempesti parla del 1° giugno) è a Venezia, raggiunta via mare da Rovigo,dove da benefici a due suoi avversari del periodo veneziano: il P.M.Andrea Micheli al quale concede l'uso delle camere dei Superiori, e il P. M. Marino Zotto che riceve le camere con tutte le suppellettili del defunto Padre Andrea Pizzamani.
• 1567 20 giugno è a Roma (dopo aver visitato la Provincia di Bologna (2-pag.45)
• 1567 9 luglio. Il Padre Generale de' Minori Conventuali aveva l'autorità di confermare il Generale dei Cappuccini: Monsignor Peretti conferma nella sua carica il Padre Generale dei Cappuccini che lo ringrazia con una lettera datata 9-luglio da Orvieto
• 1567 6 settembre. Roma Lettera del Vescovo Peretti al card. Borromeo: il Peretti vorrebbe mandare a Milano il Maestro Pietro di Saronno, mentre il cardinal Borromeo avrebbe preferito il padre Lugo. Si affronta anche la nuova località del prossimo Capitolo che sarà Roma al posto di Bologna affinchè i frati ascoltino dal Papa stesso le riforme da applicarsi all’Ordine. (vedi appendice 24)

1568 28 Aprile. Roma. Da una lettera di fra Felice al Card. Borromeo Il Peretti informa il Cardinale della morte del vice protettore Card. Ludovico Simonetta, suggerendo il nome del successore, citando il card. Francesco Alciati e Card. Sirleto. Inoltre ricorda al suddetto card.Borromeo che il Capitolo generale è prossimo. (vedi appendice 25)

• 12 maggio Un Avviso di Vienna insinua che il Peretti sarebbe caduto in disgrazia presso Pio V, perché il papa avrebbe inteso, ch’egli aveva due figlie in un convento toscano (von Pastor, Storia,X, pag.32, nota 1)
• 22 maggio. Roma. Lettera del vescovo Peretti al card. Borromeo. Il Peretti esprime la sua approvazione per la nomina del Card. Crivelli a Viceprotettore dell’Ordine auspicandone una presenza che favorisca l’unità e non le divisioni interne. Preannuncia la sua dimissione dall’incarico di Vicario generale non rinunciando alla possibilità di cooperare alle riforme interne dell’Ordine e alla loro attuazione, ricordando il suo operato che si era esplicato con l’intervento di Visitatori presso le varie realtà locali e le susseguenti azioni riformatrici. (vedi appendice 26)
• 1568 6 giu. Fra Felice, durante il Capitolo generale di Roma, si dimette da vicario generale, dedicandosi alla sua diocesi di S.Agata de'Goti. Inizierà un periodo di Visite nella Diocesi, riformando abusi, facendo rifiorire la disciplina cristiana e perché questa si mantenesse nel tempo emana ordini, a norma di Costituzioni sinodali, che sono registrate nelle memorie Chisie. In questo periodo mette mano ai decreti di Graziano in collaborazione con Latino Latini come ci fa sapere Domenico Macro nella vita di costui.
• 9 giugno. Roma Lettera del Vescovo Peretti al Card. Borromeo Il Peretti pone all’attenzione del cardinale protettore il caso del Maestro Girolamo da Brisighella che predicando sulla serietà dell’ assunzione della Comunione viene tacciato di voler allontanare i fedeli da questo sacramento. La decisione ultima viene demandata al Cardinale stesso. (vedi appendice 27)
• 4 luglio Il comune di Camerino gli conferisce la cittadinanza onoraria perché “per parte di madre fu considerato uno dei suoi cittadini onorati” 11 giugno.
• Roma. Lettera del Vescovo Peretti al Card. Borrromeo Viene annotata la nomina del Padre Maestro Giovanni da Colle al vicariato generale con susseguente giubileo plenario indetto dal papa. Ritorna il tema delle riforme dell’Ordine (vedi appendice 28)
• 1568 Interviene a Camerino durante il Capitolo generale dove viene eletto come Generale il P.M. Giovanni Pico e in questa occasione presenta nuovi ordinamenti per la riforma della religione.
• 12 dic. Il vescovo Peretti è a Roma dove presenzia alla nomina di un vescovo; l’Unghello (vol.8 col 210) così scrive: Jioannes Baptista sanctoruius tarantinus, archipresbyter Gravinae hanc sedem allifanam adeptus est die 12 decembris 1568 Romae consacratur in sacello apostolic die 12 decembris a Julio Sanctorio Archiepiscopos Severinae, assistentibus balneoregensi et S. Agathae episcopos.