La Colonna di Marco Aurelio era la piu' rovinata, il fusto era squarciato con grandi lacune sul fregio, con basamento e capitello molto sfigurati, dovuta a fulmini e terremoti che comunque non erano riusciti ad abbatterla. Sul fusto vengono inseriti 78 tasselli di marmo, tolti dal Settizonio, e applicati 58 grappe di ferro. Alcuni pezzi, espulsi verso l'esterno vengono ricollocati con argani. Anche l'interno della Colonna viene consolidato con tasselli di marmo; gran parte della superficie viene riscolpita per spianare i salti tra rocchi, prodotti dai terremoti.

Silla Longhi esegue i lavori di scultura con Matteo de Mili e altri. I rifacimenti sono per 38 mq su una  superficie complessiva di 303 mq di fregio.

Le statue sono di bronzo; per il S. Pietro vengono fusi mezzo cannone di Castel S. Angelo, tre porte  provenienti da S. Agnese, Scala Santa e portico di San Pietro e parte di un pilastro antico del Pantheon.

Sfruttando i ponteggi montati per i restauri della Colonna di Marco Aurelio, voluti da Sisto V, Giovanni Guerra inizia ad eseguire i disegni dei rilievi, il cui nucleo principale si conserva allo States Museum for Kunst a Copenhagen.

1588 La casa-chiesa di San Silvestro a Monte Cavallo diventa per volere di Sisto la sede ufficiale del governo generale dell'Ordine, cioè del Preposito e dei capitani generali

-  Sisto dona all'accademia di San Luca il sito per la costruzione della nuova sede. Vi viene trasferito il celebre quadro del Raffaello: San Luca che dipinge la Vergine.