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9 giugno1549 inizia il Capitolo generale di Assisi, sono presenti Maestri in teologia (12 solo delle Marche) accompagnati da baccellieri per le dispute teologiche che si usavano fare in quelle assemblee. Fra Felice sostiene conclusioni teologiche contro il primo lettore di filosofia di Perugia, Antonio Persico, sulle tesi del filosofo di Cosenza Bernardino Telesio (1509-88), che era dibattuto tra l’esigenza razionale della metafisica e il fascino della scienza empirica, risultandone vincente. Viene notato dal Protettore dell'Ordine, il card. Rodolfo Pio Leonelli da Carpi e dal suo segretario Sigismondo Bozio di Belforte (Macerata). Terminato il Capitolo, nel quale fu nominato Generale il Maestro Giovan Giacomo Passeri da Montefalco, il cardinal Protettore propone il Peretti per la Reggenza dello studio filosofico-teologico del convento di Macerata, proposta che sarebbe potuta divenire effettiva solo dopo il capitolo provinciale delle Marche.