27 mag. Il Pontefice si reca a Civitavecchia per ispezionare la nuova flotta. La nave ammiraglia fu battezzata San Bonaventura, lunga 180 piedi (Avviso  del 11 nov. 1587).

Il comando della flotta viene affidato al cardinale Antonio Sauli, suo rappresentante fu Orazio Lercari, in collaborazione con legni genovesi, spagnoli, toscani e maltesi

La difesa costiera da attacchi dal mare vengono affidate a torri in comunicazioni visive tramite l'accensione di fuochi. Dal Circeo fino a Terracina una serie di queste strutture viene messa in atto. Del periodo sistino sicuramente sono ascrivibili quella dell'”Epitaffio” e la torre gemella del “Pesce”realizzate dall'architetto Giovanni Fontana che così le descrive: Torri in figura quadrata, lato di dieci metri: scarpata dal cordolone in giù, porta alta sul cordolone, scala esterna e ponte tra la scala e la soglia dei bolzoni. Tre piani a volta.. L'asta per la bandiera, il fornello per le fumate e pei fuochi di segnale. Il sagliente dal mare e le faccie in isbieco per sbriciolare le palle nemiche.

1588 Nov. Il Pontefice si reca di nuovo a Civitavecchia per ispezionare la flotta.

Primavera 1589 . La flotta pontificia insieme a galee fiorentine cattura dodici navi corsare.

1590. In un Avviso del 10 marzo Sisto si propone di far costruire altre sette galere.

1590, 13 ago. Nell’ultimo Concistoro Sisto comunica la cattura di tre navi corsare turche e il loro trasferimento a Genova.