Sisto cerca di migliorare la gestione finanziaria dello Stato attraverso la riduzione della spesa corrente  per la corte, per l'amministrazione e per la concessione di sussidi ad istituzioni e a sovrani cattolici.

Sul fronte delle entrate aumenta la tassazione diretta, introducendo una serie di nuove imposte, tra  cui figurano una tassa sulle stoffe e tessuti prodotti nello Stato pontificio, sulla legna da ardere importata a Roma, sulle carte da gioco, sulla vendita del vino al minuto, l'aumento delle tariffe  postali, la carne e sull'importazione di pelli e cuoi.

1585 -   18 dic. Sisto reintroduce a Roma l’Arte della Lana, come si fa notare nella Bolla Cum Alias; vengono incaricati di far fiorire quest’attività due Mercanti, Alessandro Capocefalo e Fenicio Alifano ai quali vengono prestati dodicimila scudi con l’obbligo di restituirli in dieci anni alla Camera Apostolica. Altri mille scudi vengono concessi senza obligo di restituzione per  i problemi logistici correlati, e presso la fontana di Trevi viene viene fatto costruire un mulino per lavorare la lana. Sovraintende il tutto il Cardinale di Santa Croce.

1590 01 feb., Uno sforzo primario  di Sisto è quello di accrescere le disponibilità economiche, tant'è vero che a questa data i forzieri di Castel Sant' Angelo erano strapieni: 3.000.000 di scudi d'oro e 1.159.543 di scudi d'argento, grazie anche all'afflusso di denaro genovese, che determina un rilevante aumento dei  prezzi, sollecitato pure dall'incremento demografico.

L'uso di questo tesoro è regolato da una lettera concistoriale presentata il 21 aprile 1586, giurata e sottoscritta dal papa e dai cardinali. Essa prevedeva che la riserva fosse considerata alla stregua dei beni immobili della Chiesa e restasse ad esclusiva disposizione della sede apostolica.

Poteva essere utilizzata solo con il consenso scritto dei due terzi dei cardinali presenti in Concistoro in occasioni eccezionali, quali la riconquista della Terra Santa, la guerra contro i Turchi, in caso di peste  o carestia, di minaccia diretta verso una provincia del mondo cattolico, di invasione degli Stati della Chiesa, della riconquista di una città appartenente alla Santa Sede, con la precauzione di non utilizzare  mai più della mrtà del

totale e di reintegrare appena possibile i fondi spesi. La lettera doveva essere letta e giurata durante i conclavi e le sue disposizioni obbligavano i successori nel pontificato.

Nel Concistoro del 28 aprile 1586 fu disposto che l'integrità del Tesoro fosse verificata ogni quattro mesi.