1571 17 dic. Viene trasferito alla diocesi di Fermo, che disponeva di rendite maggiori, amministrandola per i primi due anni tramite suoi vicari, rimanendovi fino al 1577, anno nel quale rinuncia a questo incarico.

1572 1° mag. Tra i Cardinali presenti al momento della morte di San Pio V c'era anche il Peretti.

1573 Fonda il seminario a Fermo

1574 Prende possesso della sua Diocesi e vi risiede per circa tre mesi non nel palazzo dell' Arcivescovado ma in quello del Governatore.

 1574 Per il caso dell’arcivescovo Carranza, Gregorio XIII discusse con il Montalto e il cardinale Aldobrandini. L’opinione pubblica e anche il papa non erano convinti della sua colpevolezza, il re di Spagna lo aveva fatto mandare a Roma e qui incarcerare sotto il controllo degli spagnoli che non l’avevano mai voluto consegnare ai delegati pontifici. In questo affare Montalto rivela una prudenza di politico consumato non volendo dispiacere al papa, ma neppure alienarsi Filippo II.

1574 Qualche giorno prima dell' 8 ottobre: Mons. Peretti passa per Ortezzano, presso Fermo. Si organizza una sontuosa accoglienza:si inviano messi alla marina per il pesce, si acquistano 2 vitelli e 2 castrati, 3 capretti, 2 agnelli, 25 paia di piccioni, centinaia di uova e farina per le “tajatelle”, 4 “presutti” e poi cavoli, “inzalata et erbette”, ancora “spetie, cannella, zafferano, et garofani” e ceci e lenticchie, il tutto sostenuto da un numero imprecisato di “barili di vino”

1574 dal 8 al 10 ottobre è a Montalto dove istituisce una scuola stabilendo due fondi fruttiferi di 1000 scudi ciascuno per il mantenimento di un medico e di un maestro. Si interessa alla riparazione delle mura e dispensa la comunità dal voto di digiunare il sabato 28 ott. A Fermo concede in forma di privilegio alcuni benefici alla Cappella musicale del Duomo

1574 dic. Il vescovo Peretti fa costruire presso Fonte Fallera (Fermo) uno stabilimento per l’arte della lana

1574 nell'ultimo periodo di quest'anno ritorna a Roma dopo aver donato alla città di Fermo 200 scudi di argento.

1576 A testimonianza della grande stima e ammirazione che il cardinal Montalto avesse per il cardinal Farnese, tanto che quando parlava di lui, lo indicava come il "mio Cardinale", (vedi lettera nell'allegato 10), durante una disputa per la vendita di una casa Fulvio Arcangioli, cittadino romano e il cardinal Montalto, il Farnese fu il solo capace a farlo recedere.
Dal protocollo di Tarquinio Cobaluzio si legge: l'Illustrissimo Signor Cardinal Farnese pregò l'Illustrissimo Signor Cardinal Montalto a volere per amor suo favorir detto Fulvio, protestandosi di professargliene particolari obbligazioni. La richiesta viene esaudita.

1577 ca metà anno. Rinunzia al Vescovado, con l'approvazione di Gregorio XIII, che passerà a Domenico Pinelli, nominato il 14 agosto. - Sotto il pontificato di Gregorio XIII viene allontanato anche dagli incarichi della Curia e si dedica agli studi teologici, alla sistemazione della sua famiglia e alla costruzione della sua villa eretta da Domenico Fontana sull' Esquilino.

1577 nov. Gregorio XIII, convinto dal Peretti, gli commissiona la stampa a Roma di tutte le opere dei Santi Padri, il cardinale Montalto rende partecipe Carlo Borromeo di questa iniziativa, richiedendogli la copia di un opuscolo: de Legatione ad Bracmannos di Sant'Ambrogio che si trovava a Milano (2- pag 53) (vedi appendice 11-11a)

1578 30 sett. Il Cardinal Montalto dona alla chiesa di S. Girolamo degli Illirici un paramento pontificale di damasco bianco, tessuto a fioroni d’oro consistente in Un Piviale col fregio e cappuccio dorato, tessuto in seta cremisina e foderato di taffetà bianco doppio; Pianeta e due Tonacelle di damasco tessuto d’oro; due Stole, tre Manipoli di seta bianca trinata e fioccata d’oro; un Cuscino del medesimo drappo; un pezzo di damasco doppio per coprire il leggio dell’epistola e del vangelo; un paliotto per l’altare sempre di damasco bianco intessuto di fili d’oro; tutti con l’arme del Cardinale ricamati in oro. (11 pag.113). Solo dopo questa data la congregazione della Chiesa di S. Girolamo degli Illirici fa dipinger l’arma del Cardinale sulla facciata della chiesa.

1578 11 ott. Con atto notarile stipulato in Roma dal notaio Tranquillo Cavallucci il cardinale Peretti dona alla comunità di Montalto 1370 scudi per fondare una scuola, anche a beneficio dei ragazzi di Porchia, Patrignone e Montedinove.

1578 dic. Ottiene dal cardinale camerlengo Alvise Cornaro l'istituzione a Montalto del mercato il mercoledì di ogni settimana.

1579 4 gen. La comunità di S. Gerolamo dei Croati per contraccambiare al dono dei paramenti offerti dal Cardinal Montalto ricambiamo con un marzapane.

1579 19 feb. Con atto notarile stipulato in Roma dal notaio Felice Cavallucci , il card. Peretti a sue spese (2000 scudi) sostiene un medico condotto a Montalto. 1580 Il Card. Montalto pubblica il primo volume delle opere di S. Ambrogio dedicandolo a Gregorio XIII.

1581 feb. Gregorio XIII toglie i 1200 scudi che San Pio V aveva assegnato al Cardinal Montalto come “piatto” per i cardinali poveri, con il pretesto che i cardinali veramente poveri non costruivano ville. Lelio Maretti individua nel Cardinal Galli da Como colui il quale convince il papa a revocare il “piatto”. (13- pag. 33) . Le sua rendite ammontano a 8000 ducati annui e grazie all’aiuto del Fontana e del Granduca di Toscana (Hubner I, 234) riesce a continuare i lavori alla sua Vigna. Questa azione irrita il Montalto che giunge a ipotizzare di far mettere sopra la porta della sua villa, invece dello stemma di Gregorio XIII quello di Pio V. L’Ambasciatore di Venezia riferisce di espressioni di biasimo del Peretti sul governo di Gregorio XIII. (13-pag.34).
- Da Papa, Sisto V criticherà l’operato di Gregorio XIII, imputandogli di aver esaurito le casse dello Stato con le molte spese (13- pag.42)